El clima de Maní es cálido húmedo, presenta dos Estaciones: Verano; inicia en el mes de Noviembre hasta Marzo, Invierno; inicia en el mes de Abril a Octubre. Su temperatura promedio oscila entre 25 y 27 grados centígrados. El Municipio de Maní es bañado por: Ríos Cusiana, Unete y Charte; por los Caños: Guira, Casimena, Cùsiva, Garibay, Benjumea, Dumancita, Tinije, Dumagua, Materro, Cururupa, Bebea, Morichito; por los Esteros: Santa Bárbara, Ortigal, Juncal, los Corozos, Los Barcitos, Los Pozones,Guio, Babas, Morichal, Titiriji, También parte de la laguna del Tinije. La topografía de Maní es completamente plana, sujeta a inundaciones en la época de invierno. Tiene un desnivel topográfico plano que va desde 170 m.s.n.m. en la parte baja del río Cusiana (desembocadura), hasta los 187 m.s.n.m. en la cabecera municipal. La vegetación es variada; en tiempo de verano es seca. Existen bosques, y morichales que siguen el curso de los caños y los ríos.
